大多數(shù)學者認為，保函是承托雙方的一項保證賠償協(xié)議。有的則認為，保函是一種特殊的擔保合同。兩者的看法均有一定道理，但都不全面。從保函的法律關(guān)系分析，保函的提供者不同，保函的法律性質(zhì)也不同。保函不是單純的協(xié)議，也不是單純的特殊擔保合同，而是兩者的結(jié)合?！稘h堡規(guī)則》第17條第2款稱換取清潔提單所出具的保函為“任何保函或協(xié)議”，也是包含兩層意思。
　　下面我們從保函的法律關(guān)系分析不同主體開具的保函不同的法律性質(zhì)：
　　<一>托運人自己開具的保函
　　托運人出具保函，承諾保證承擔承運人因在提單上不加批注而造成的一切損失。這種保函是一種賠償協(xié)議，實質(zhì)上是賠償?shù)难a償。承運人和收貨人對貨物發(fā)生爭執(zhí)時，承擔賠償責任者是承運人不是托運人，這將保函與債務(wù)承擔協(xié)議相區(qū)別。這種賠償協(xié)議更近似于托運人與承運人之間的一項單務(wù)合同，托運人單方面承擔承運人賠償損失所受損害的義務(wù)。托運人自己出具的保函，無第三方的擔保，一般不被承運人接受，在實踐中也極少使用。

<二>第三人出具的保函
　　在這種保函法律關(guān)系中，托運人和承運人之間有賠償補償?shù)膮f(xié)議，第三者為保證托運人履約提供擔或保證。這是典型的以確保債務(wù)履行和債權(quán)實現(xiàn)的擔保法律制度。此時保函是一份從屬于托運人和承運人之間的協(xié)議的從合同，當托運人和承運人之間的協(xié)議因欺詐第三方而無效時，保函作為從合同無效；當托運人和承運人之間的補償協(xié)議有效，但托運人拒絕履行補償義務(wù)時，承運人可依保函要求保函提供者履行補償義務(wù)，而保函提供者無抗辯權(quán)。第三人出具的保函中一般由資信良好的銀行作為第三人出具保函，但這種保函不是一般國際經(jīng)濟合同中獨立于基礎(chǔ)合同的銀行保函，銀行保函中銀行承擔付款承諾而沒有先訴抗辯權(quán)，但為換取清潔提單而出具的銀行保函是傳統(tǒng)意義上的保證擔保，有從屬性和補充性。有的學者把保函籠統(tǒng)地界定為承托雙方的協(xié)議，不以保函主體不同加以區(qū)分，當然地推出保函無效的結(jié)論，本文覺得有欠理論上的分析。從理論上分析第三人出具的保函的法律關(guān)系，明顯可看出，出具保函的第三人要承擔的風險較大，托運人極有可能利用保函欺詐銀行，而且托運人申請第三人出具保函要交納一定的費用，并不能理想地達到迅捷的目的。

<三>托運人和第三人共同出具的保函
　　在這種保函法律關(guān)系中，托運人和承運人仍有賠償補償?shù)膮f(xié)議，此時保函提供者為托運人和第三人。其法律關(guān)系與第三人出具的保函的法律關(guān)系相類似，最大的區(qū)別是托運人和第三人共同提供擔保，兩者承擔連帶責任。這種保函由托運人和第三人共同承擔風險，可以防止托運人利用保函欺詐第三人，因而在實踐中運用得比較多。⑤保函的法律關(guān)比較復(fù)雜，如果不從保函主體的不同分清三類保函的法律關(guān)系，難免會陷入保函法律關(guān)系混亂的誤區(qū)。